Nigerijai būdingas ekvatorinis musoninis klimatas, kurį stipriai įtakoja Atlanto vandenynas. Šalis yra dalinama į 3 klimato sritis. Tolimuosiuose pietuose driekiasi tropiniai miškai. Šalies šiaurėje vyrauja dykumų klimatas, o likusioje šalies teritorijoje būdinga savana ir sausas klimatas.

Birželį prasideda lietingasis sezonas, kuris trunka iki rugsėjo. Nigerio upės deltoje iškrinta daugiausia kritulių - iki 4000 mm per metus. Sausiausia būna šiaurinėje šalies dalyje esančioje savanoje, ir šiaurės rytuose.

Vidutinė metinė temperatūra siekia 25ºC. Šiaurėje karščiausia būna kovo-birželio mėnesiais, o pietuose – balandį. Žiemą šalyje siautėja harmatanas - sausas ir karštas vėjas.