Dabartinio Afganistano teritorijoje pirmosios  valstybės ėmė formuotis I tūkst. pr. Kr. Viena iš senesnių – Baktrija. Afganistano istorija glaudžiai susijusi su Senovės Persijos istorija, kadangi ilgą laiką ji priklausė šiai didžiulei imperijai. Afganistano teritorijoje buvo šie Senovės Persijos regionai: Baktrija, Gandhara, Drangiana, Arija.

Vėlesniais amžiais Afganistano teritorija buvo valdoma Achmenidų, Aleksandro Makedoniečio, Partų, Sasanidų, Čingischano ir kt. VII-IX a. Afganistano teritorijoje paplito islamas, kadangi šalį užkariavo arabai.

1747 m. buvo sukurta vieninga Afganistano (Duranių) valstybė, kurios įkūrėjas – Achmedas Šachas Duranis.

XIX a. šalis buvo Didžiosios Britanijos įtakoje ir tik po I Pasaulinio karo vėl atgavo savarankiškumą.

1978 m. Tarybų Sąjungos remiamo perversmo metu kartu su visa šeima buvo nužudytas pirmasis Afganistano prezidentas. 1979 m. į šalį buvo įvesta sovietų kariuomenė. Dešimt metų vyko ginkluotas pasipriešinimas, o vėliau kilo pilietinis karas.

1997 m. iškilo Pakistano remiamas Talibano judėjimas, didžiojoje šalies dalyje įvedęs griežtą islaminę tvarką.

2001 m., po rugsėjo vienuoliktosios teroristinių išpuolių Niujorke, kovą su terorizmu ir Talibano režimu suaktyvino JAV. Nuvertus Talibano režimą, buvo išrinktas naujas prezidentas, vyksta demokratizacijos procesas. Tačiau Talibano kovotojai iki šiol vykdo išpuolius. Tvarką šalyje palaiko JAV ir Europos šalių karinės pajėgos.