Japonijoje vyrauja vidutinių platumų klimatas. Jis kinta iš šiaurės į pietus, nes šalis yra labai ištįsusi. Dalis Japonijos yra apsaugota nuo vėjų Čiūgoku ir Šikoku kalnais, tad teritorijai būdingas palyginti švelnus klimatas.

Japonijai būdingi 4 sezonai. Pavasaris – geriausias metas lankytis Japonijoje. Kovo-balandžio mėnesiais visa šalis skendi sakurų žieduose. Japonų meteorologinės tarnybos jau kovo pradžioje pateikia prognozes, kada žydės sakuros. Birželį prasideda lietingasis sezonas. O liepą-rugpjūtį būna itin drėgna ir karšta – temperatūra neretai perkopia +40°C. Ruduo Japonijoje prasideda rugsėjį – tai taipogi palankus metas aplankyti šalį.

Paprastai išskiriamos kelios klimato zonos.

Šiauriausiai esančioje Hokaido saloje dažnai būna ilgos ir šaltos žiemos, o vasaros vėsios.

Centrinėse aukštumose klimatas yra žemyninis, čia iškrenta mažai kritulių.

Riūkiū salose klimatas yra subtropinis. Čia būdingos karštos vasaros ir šiltos žiemos, iškrenta daug kritulių. Riūkiū salose neretai siaučia taifūnai.