Ilyrai ir trakai yra seniausios žinomos tautos, kurios gyveno Makedonijos teritorijoje.
V a. pr. Kr. įsikūrė Senoji Makedonijos valstybė.
148 m. pr. Kr. Makedonija buvo prijungta prie Senovės Romos.
VI-VII a. į teritoriją atkeliavo slavų gentys, kurios kūrė savarankiškas kunigaikštystes.
VII a. slavų kunigaikštystes užėmė Bizantija.
IX a. didesnę dalį teritorijos užėmė Pirmoji Bulgarijos karalystė. Bet 1018 m. teritorijas vėl užėmė Bizantija.
1187 m. susikūrė Antroji Bulgarijos karalystė, kuri vėl perėmė teritorijas.
1389-1912 m. teritorijos priklausė Osmanų imperijai.
1912-1913 m. Balkanų karo metu buvo padalinta Vardaro Makedonija, Egėjo Makedonija ir Pirinas.
1944 m. Makedonija tapo Jugoslavijos Socialistinės Federacinės Respublikos dalimi.
1991 m. Makedonija tapo nepriklausoma.