Dabartinės Moldavijos teritorijoje viduramžiais gyvavo Moldavijos kunigaikštystė. Ją sudarė Moldavijos teritorija, šiaurės Bukovina bei Rumunijos dalis dešiniajame Pruto krante.

XVI a. Moldavijos kunigaikštystė tapo pavaldi Osmanų imperijai.

1812 m. pasirašius Bukarešto sutartį, rytinė (Besarabija) dalis atiteko Rusijai ,o vakarinė dalis išlaikė autonomiją.
1859 m. Vakarinė dalis susijungė su Valachija ir sudarė Rumunijos karalystę.

1918 m. Besarabija prisijungė prie Rumunijos karalystės.

1940 m. Besarabiją užėmė Tarybų Sąjunga.

Po karo buvp sudaryta Moldavijos sovietų socialistinė respublika.

1991 m. rugpjūčio 27 d. Moldavija paskelbė nepriklausomybę.