Peru gamta itin kontrastinga – čia išskiriamos net trys skirtingos klimato zonos:
Amazonijos tropiniai miškai (Selva),
Andų kalnai (Sierra),
Ramiojo vandenyno pakrantė (Costa).

Peru pakrantėje klimatui įtakos turi šaltoji Peru srovė, dėl to klimatas čia dykuminis, jam būdingas sausas oras bei reti krituliai. Pietinėje šalies dalyje nusidriekusi sausiausia pasaulyje Atakamos dykuma. Temperatūra svyruoja nuo 14°C iki 30°C.

Peru sostinėje Limoje lietūs labai reti, tačiau miestą dažnai apgaubia drėgnas rūkas. Kuo tolyn į šiaurę – tuo kritulių kiekis didesnis bei palankesnės sąlygos žemdirbystei. Temperatūra žiemą nenukrinta žemiau 12°C, o vasarą paprastai neviršija 35°C.

Andų kalnuose 3500-4500 m aukštyje maksimali temperatūra dieną būna 15°C, o naktimis temperatūros skirtumai itin dideli.

Selvoje, esančioje į vakarus nuo Andų kalnų, vyrauja tropinių miškų šiltas ir drėgnas klimatas. Vidutinė temperatūra čia siekia 26°C, gausiai iškrinta kritulių.